由于氯是微量元素，过多施用，会使作物发生氯中毒。为防止农作物及果树的氯中毒，含氯肥料在使用时应从以下五方面来考虑：
一、从农作物特性考虑，在理论和实践上根据作物对氯离子的忍受程度即忍氯程度，将作物分为三种类型：
(1)耐氯力强作物，主要是指谷类作物中的水稻、高粱、谷子等，以及棉花、麻类、菠菜等。此类作物可在土壤含氯不高的条件下(<200mg/kg)，按需施用各种含氯肥料。
(2)耐氯中等作物，主要有大麦、小麦、玉米、大豆、豌豆、蚕豆、油莱、花生、萝卜、蕃茄、黄瓜等。这类作物可在土壤含氯不高条件下，按常量施用含氯肥料。
(3)耐氯力弱的作物，主要有甘薯、烤烟、莴苣、白菜、莓薄、苹果等。此类作物不宜施用氯化氨(NH4Cl)、氯化钾(KCI)，以及以这两种肥料为基础原料的各种复混(合)肥，专用肥。但在土壤含氯低于50mg/kg时，可适量施用氯化钾(KCI)。
二、从肥料特性考虑，大多数复混肥、专用肥含有氯(C1)，是由于这类肥料是以氯化铵(NH4CI)、氯化钾(KC1)为基础原料制造而成。含氯量一般不低于15%；另一部分有机无机多元复混肥的含氯量也不低于4.5%，但由于有机物质的存在，通过生物、化学、物理作用降低了氯离子的毒害，所以在施用时可以适当增加用量。含氯肥料一般为酸性肥料，不宜与碱性肥料混用，否则会引起肥效降低。若以亩施含氯15%的肥料100斤计，则会使土壤耕层(20cm)含氯平均增加50.8mg/kg。这说明由于施用含氯肥料将向土壤带入大量的氯。可能会引起土壤中局部氯的积累，造成作物的氯中毒。
三、从土壤特性考虑，一般来说，土壤含氯低于作物耐氯临界值100-300mg/kg时，则可以施用含氯肥料。在土壤含氯量低于50mg/kg时，所有作物均可施用含氯化肥；在土壤含氯50-100mg/kg时，除莴苣等弱耐氯作物外，多数作物可施用氯化氨、氯化钾；在土壤含氯量高，即100－200mg/kg时，多数作物可施用氯化钾，一般不宜施用氯化氨；在土壤含氯大于200mg/kg时，一般不宜施含氯肥料。具体使用方法如下
1、水田:水稻是耐氯力强的作物，氯化铵、氯化钾价格低廉，是稻田较理想的氮、钾肥品种。水田土壤水分充足，可对致盐能力强的含氯化肥起到稀释作用。氯是容易被移动的元素。氯在水中易流失或渗漏，而不致造成盐害和氯害。因此，含氯化肥应首先用于水田。一般每亩稻田施氯化铵40～50公斤，氯化钾5～10公斤。先撒施做底肥，后耕翻，再耙平，然后插秧。
2、水浇地:水浇地上虽然种植旱田作物，但有灌溉水保证，可以做到肥水结合，施用含氯化肥结合灌水，可降低因局部化肥浓度过高对作物的为害。可做基肥不做种肥，肥和种子之间隔土层8厘米。追肥距根系8～10厘米，深施覆土。在水浇地施用比在旱地施用增产效果更好。花生是耐氯力中等偏下作物，不宜施用氯化铵，施用氯化钾和含氯复混肥需谨慎和控制用量。
3、旱田:没有灌溉条件的旱地施用含氯化肥必须注意施用量和施肥位置，防止烧根、烧苗。可做底肥、追肥，不可做种肥。玉米、小麦种子与肥间隔土层需8厘米。大豆、棉花需10～11厘米。只要是用量适宜，用法得当，在等氮量的情况下氯化铵与尿素的增产率基本相等；在等钾情况下氯化钾与硫酸钾增产率量基本相同。一般每亩施用氯化钾5～10公斤，氮磷钾含量各15%的含氯复混肥15～25公斤。氯化铵用于稻田和水浇地大田。
四、从施肥方法考虑，含氯肥料的施用，原则上应深施盖土，集中施用。但在实践中可在整地前均匀撤施，深翻入土，以避免氯离子过度集中对作物根系造成毒害；同时注意含氯肥料不能拌种，更不能做种肥直接施于种子同一位置，而应施于种子下侧或两侧l0cm左右，以免种子，影响作物出苗和生长。更好的施用方法为与圈肥(酸性)或有机肥(酸性)混用。例如：在施用含氯化肥时，配合施用腐熟的有机肥，可以提高含氯化肥的肥效，减轻氯离子的不良影响。在有效磷含量低的土壤中，氯离子对作物吸收磷有抑制作用，往往造成作物生长磷素营养的缺乏，故施含氯化肥时应注意配施适量的磷肥；用含氯化肥与尿素、磷酸铵、过磷酸钙、钙镁磷肥等配制而成的复(混)合肥、配方肥，不仅可以减轻氯离子的危害，而且由于氮、磷、钾得到配合使用，可起到平衡施肥的效果。
五、从气候及田间管理考虑，若为湿润、多雨气候，则可按常量施用含氯肥料；对某些需水量大，常灌溉的耐氯作物也可按常量施含氯化肥。
近年来出现了不少因为化肥中氯离子含量超标引起的肥害，使得农民朋友对氯离子产生了一种抵抗心理。其实，大多数化肥中氯离子的含量都是合格的，只是由于农民长期过量使用化肥农药，氯离子积累增加，再加上土壤团粒结构遭到严重破坏，土壤缓冲能力下降，才造成了肥害的不断加剧。